金融機関等を通じて運用を行うため、手数料が必要となりますが、手数料が無料の金融機関（運営管理機関について）もあります。ただし、iDeCoの実施団体である「国民年金基金連合会」には、拠出ごとに必ず手数料を支払わなければなりません。

毎月の掛金等から差し引かれるので、実質の掛金は手数料分だけ少なくなってしまいます。運用成果にも影響が出るので、このことは念頭に置いておかなければいけません。

60歳までは原則引き出しできない

冒頭に触れたように、iDeCoは公的年金制度の一部です。したがって、いつでも好きなように引き出しをすることができない性質ものものです。これを金融の世界では「流動性がない」といいます。