【特定口座】源泉徴収された税金を取り戻すと損するかも！確定申告で増える「4つの負担」

5. 仮のケースで比べる｜申告に含める場合と含めない場合

特定口座の売却益を申告に含めた場合と、含めない場合で、どのような違いが出るのかを、仮のケースで試算しました。

仮のケースで比べる「申告に含めない」と「申告に含める」2/2

出所：国税庁「No.1476 特定口座制度」、東京都大田区「住民税が課税されない方（非課税の基準）」、厚生労働省「窓口負担２割の対象となるかどうかの主な判定の流れ」をもとにLIMO編集部作成

5.1 前提と所得税の結果

前提は、75歳・単身で、年金収入150万円（公的年金等控除を引いた所得は40万円）、特定口座（源泉徴収あり）の売却益が20万円という仮のケースです。

特定口座の売却益に対して、所得税3万630円と住民税1万円が源泉徴収されています。

特定口座の所得を申告に含めない場合、所得税は源泉徴収で完結し、合計所得金額は年金分の40万円のままです。

申告に含める場合は、合計所得金額が60万円になり、課税所得が0円になれば、源泉徴収された所得税3万630円が還付される見込みです。

5.2 翌年度の住民税・保険料・窓口負担

翌年度の住民税は、申告に含めない場合は合計所得金額が45万円以下で非課税のままですが、申告に含めると45万円を超えるため、課税になります。

保険料の算定に使う所得も、年金分の40万円から、売却益を加えた60万円に増えます。

所得割の料率が仮に10%だとすると、所得が20万円増えたぶんの保険料は、年2万円ほど増える計算です（実際の料率や算定方法は市区町村などによって異なります）。

この例では、窓口負担は1割のままで、2割の判定基準には届きません。

還付される所得税は3万630円ですが、住民税の非課税から外れることや保険料の増加などと合わせて、トータルで負担が増える可能性もあります。

和田直子

確定申告の画面に「還付金」の金額が出ると、つい大きいほうを選びたくなります。

ただ、申告に含めた所得は、翌年度の住民税や保険料の通知にも反映されるため、還付金の金額だけで判断しないことが大切です。

とくに、今回の例のように、合計所得金額が住民税の非課税の基準を超えるかどうかは、ひとつの分かれ目になります。

申告書を提出する前に、翌年度の住民税や保険料にどう影響するかを、お住まいの市区町村の窓口などに確認しておくと安心です。

6. 申告に含めるか迷ったときの考え方

特定口座（源泉徴収あり）の所得は、申告不要を選べるため、医療費控除のための確定申告でも、含めないという選択ができます。

6.1 申告不要を選ぶ場合の流れ

確定申告書を作成する際、特定口座（源泉徴収あり）を申告に含めなければ、その口座の所得は申告されません。

この場合、特定口座の所得は、住民税や保険料の算定には含まれません。

6.2 申告したほうがよい場合もある

国税庁は、損益通算や譲渡損失の繰越控除の特例を受ける場合は、確定申告が必要としています。

また、所得が少なく、源泉徴収された税額の還付が大きい場合など、申告したほうがよいケースもあります。

「申告しないのが必ず安全」とは言い切れないため、自分の場合にどちらが有利かは、税務署や税理士、市区町村の窓口で確認しましょう。

7. まとめ

特定口座（源泉徴収あり）の所得は、確定申告で申告不要を選ぶことができ、申告に含めるかどうかは口座ごとに決められます。

令和5年分からは、所得税と住民税で課税方式を別々に選べなくなり、所得税で申告した所得は、住民税や保険料の算定にも反映されます。

申告に含めると、還付金が増える一方で、翌年度の住民税、住民税の非課税の判定、国保料・後期高齢者医療保険料・介護保険料、窓口負担に影響が出る場合があります。

どの程度の影響が出るかは、所得や世帯の状況、お住まいの市区町村によって異なります。

申告に含めるかどうかで迷う場合は、税務署や税理士、市区町村の窓口に確認してから判断してください。

【免責事項】

本記事は、2026年10月9日時点の国税庁・自治体・厚生労働省の公表情報にもとづいています。税制や基準額は、今後改正される場合があります。
仮のケースの試算は、仕組みを理解するための概算です。基礎控除以外の控除、住民税や保険料の具体的な金額は考慮しておらず、実際の金額は個人の状況や市区町村によって異なります。
確定申告の要否や有利・不利の判断、住民税・保険料への影響など、税金や制度にかかわる事項は、税務署・税理士・市区町村の窓口などでご確認ください。
本記事は、特定の申告方法を推奨することを目的としたものではありません。