デジタル庁は、Android端末のマイナンバーカードで、マイナポータルでの医療費の情報確認や確定申告などのオンライン申請がすでに使えると案内しています。
2026年10月20日には、新たに属性証明機能が加わりました。（2026年10月2日公表、変更の可能性があります）
医療費控除の申告は、「パソコンがないとできない」「領収書を1枚ずつ入力するのが面倒」と思われがちです。ところが、国税庁は、スマートフォンとマイナンバーカードを使って、申告書の作成からe-Taxでの送信まで進められる方法を案内しています。
さらに、マイナポータルと連携すると、医療費通知の情報を取り込んで、申告書へ自動で入力できます。ただ、自動で入る医療費には範囲があり、取り込めない医療費を追加で入力し忘れると、控除の額が思ったより小さくなってしまいます。
本記事では、国税庁のページやデジタル庁の解説、マイナポータルのよくある質問をもとに、スマホでの医療費控除の申告に必要なものと流れ、連携で取得できる情報と時期、家族分の取得方法、追加入力の漏れの影響を整理します。手続きの詳細は年ごとに更新されるため、実際の操作は国税庁の最新の案内で確認してください。
1. スマホだけで医療費控除は申告できる：基本の流れ
国税庁の「スマホとマイナンバーカードでe-Tax！」のページによると、手順は大きく2つです。まず、確定申告書等作成コーナーで申告書などを作成します。次に、マイナンバーカードを利用して、e-Taxで送信、つまり提出します。
医療費控除もこの流れの中で入力します。入力の方法は、医療費通知から入力する方法、医療費集計フォームを使う方法、領収書などから入力する方法の3つです。詳しくは、自社の別記事でも整理しています。
スマホを使う場合の最大の利点は、マイナポータル連携です。国税庁のページでは、所得税の確定申告のときに、給与所得の源泉徴収票や医療費などのデータをまとめて取得し、確定申告書の該当する項目へ自動で入力できると案内されています。
この記事は、令和7年分の申告（2026年に実施）の際に公表された案内をもとにしています。次に行う令和8年分の申告は2027年です。操作の画面や条件は変わる可能性があるため、申告の時期になったら、国税庁の確定申告特集で最新の案内を確認してください。
2. 準備するもの：マイナンバーカード、2つのパスワード、対応スマホ
国税庁のページによると、準備するものは、スマートフォンやタブレット、パソコンのいずれかと、マイナンバーカード、そしてカードを発行したときに自分で設定した2種類のパスワードです。
2種類のパスワードは、利用者証明用電子証明書の数字4桁と、署名用電子証明書の英数字6文字から16文字です。デジタル庁の解説でも、マイナンバーカードと2つのパスワードが必要と説明されています。パスワードを忘れると手続きが止まるため、事前の確認が重要です。
スマホは、マイナンバーカードの読み取りに対応した機種が必要です。機種が対応しているかどうかは、マイナポータルのホームページの「よくあるご質問」で確認できると案内されています。あわせて、マイナポータルのアプリなどを、事前にインストールしておく必要があります。
マイナンバーカードや電子証明書には、有効期限があります。国税庁の確定申告特集は、有効期限の確認を呼びかけています。期限が切れていると、e-Taxを使えない場合があるため、申告の時期になる前に、カードを確認しておくと安心です。
3. スマホにマイナンバーカードの機能を入れる方法
国税庁のページによると、スマホにマイナンバーカードの機能を搭載すれば、カードそのものをスマホで読み取らなくても、申告書の作成やe-Taxの送信ができます。Androidの端末では、すでに利用できると案内されています。
iPhoneについては、同じページで、令和8年1月から対応を開始する予定と示されていました。実際の対応状況は、今回確認した範囲では、最新の情報を確認できませんでした。iPhoneを使う人は、国税庁の案内やマイナポータルの案内で、対応状況を確認してください。
利用者証明用電子証明書のパスワードは、生体認証の機能を使える場合があると、国税庁のページに書かれています。ただし、署名用の6文字から16文字のパスワードは、別に必要になる場面があります。どの場面で何が求められるかは、画面の案内に従ってください。
4. マイナポータル連携で自動入力されるもの：医療費だけではない
国税庁の「マイナポータルと連携した所得税確定申告手続」のページによると、連携できる情報は、医療費通知情報のほか、生命保険料や地震保険料などの保険料控除の情報、住宅ローン控除の情報、寄附金控除の情報、給与所得の源泉徴収票の情報など、多岐にわたります。
デジタル庁の解説では、自動入力される控除として、医療費、ふるさと納税を含む寄附金、社会保険料、生命保険料、地震保険料、iDeCo、小規模企業共済掛金、住宅ローン控除関係が挙げられています。収入の面では、給与所得の源泉徴収票などです。
つまり、医療費控除のためにマイナポータル連携を使うと、医療費以外の控除や源泉徴収票の情報も、一緒に取り込める場合があります。申告書を一から入力する手間が、大きく減ります。ただし、対象になる情報は、事前の登録や連携の設定によって変わります。
取り込んだ内容が正しいかどうかは、自分で確認する必要があります。国税庁の案内でも、自動入力された内容は、画面で確認するよう求められています。取り込みが終わったからといって、そのまま次に進まないでください。
5. 連携できる情報は医療費以外にも広がっている
国税庁の「マイナポータルと連携した所得税確定申告手続」のページには、連携できる情報の一覧があります。医療費通知情報のほかに、障害者手帳や療育手帳の記載情報、生命保険料や地震保険料などの保険料控除の情報が挙げられています。
そのほかにも、住宅ローン控除の対象情報、寄附金控除の対象情報、給与所得の源泉徴収票の情報、退職所得の源泉徴収票の情報、一時所得の支払調書の情報などが載っています。会社員や、ふるさと納税をした人が、まとめて取り込めるのは、大きな利点です。
利用の流れは、国税庁のページに4つの段階で示されています。確定申告書等作成コーナーにアクセスし、データを取得し、申告書を作成して、提出する、という順番です。事前に、マイナポータル側で登録を済ませておく必要があります。
どの情報が連携の対象になるかは、控除の種類や、証明書を発行する側の対応によっても変わる可能性があります。すべてが必ず取り込めるとは限らないため、取り込めなかった情報は、手元の書類から入力してください。
6. 医療費通知情報を取得できる時期：例年2月9日から
国税庁の作成コーナーの案内によると、マイナポータル連携で医療費通知情報を取得できるのは、例年、原則2月9日からです。申告する年分の1月から12月までの1年間分が、取得できるようになります。
2月9日より前には、医療費通知情報を取得できません。年内や1月のうちに、申告の準備をしたい人は、この点に注意が必要です。それまでの間は、領収書や医療機関の明細を手元にそろえておくのがよいでしょう。
案内には、一部の初回利用者は、午前3時から午前6時の間は情報を取得できないという注意もあります。2回目以降は、24時間取得できるとされています。時間帯の制限がある場合があるため、余裕を持って操作してください。
デジタル庁の解説では、毎月11日に、前々月に診療を受けた分が更新されると説明されています。この毎月の更新と、国税庁の案内する「2月9日に1年分が取得可能」という説明の関係は、今回確認した範囲では、詳しくは分かりませんでした。
7. 家族の医療費を取得する方法：代理人登録が必要
家族の分の医療費通知情報を、自分の申告に取り込みたい場合は、事前の登録が必要です。マイナポータルのよくある質問によると、手順は3つに分かれます。
1つ目は、確定申告をする本人と家族の両方が、それぞれのマイナンバーカードで、マイナポータルの利用者登録を済ませることです。2つ目は、マイナポータルで「委任者を新規登録する」手続きを行い、確定申告をする人を代理人、家族を委任者として登録することです。
3つ目は、確定申告をする本人が、「医療費通知情報サービス」と「確定申告への医療費通知情報提供」について、「委任を受ける」を選ぶことです。必要なものは、本人と家族それぞれのマイナンバーカードです。
家族が子どもの場合など、カードを持っていない人がいる場合の扱いは、今回確認した範囲では、確認できませんでした。手続きに迷う場合は、マイナポータルの案内や、市区町村の窓口に確認してください。
8. 連携で取得できない医療費：追加入力が必要になる
ここが、最も注意が必要な点です。国税庁の作成コーナーの案内によると、マイナポータル連携で取得できるのは、原則として保険診療分の医療費に関する情報だけです。はり・きゅうなどの施術費用や、整骨院・接骨院の柔道整復療養費は、取得できません。
同じ案内には、保険診療分以外の医療費や、ドラッグストアなどで購入した医薬品も、取得できない例として挙げられています。これらの医療費は、医療費控除の対象になる場合でも、自動では入りません。自分で追加して入力する必要があります。
追加入力するときは、重複に注意が必要です。国税庁の案内では、マイナポータルから取得した内容と重複しないよう、医療費通知に含まれない費目だけを追加入力するとされています。この重複の問題は、自社の別記事でも試算しています。
では、逆に、追加入力をし忘れるとどうなるのでしょうか。次の章で、仮の金額を使って、控除の額がどれだけ変わるかを試算します。
9. 試算：追加入力を忘れると、控除の額は17万円から9万円になる
仮の例で考えます。総所得金額等が200万円以上で、足切り額が10万円の人が、1年間に医療費を合計30万円支払ったとします。内訳は、保険診療分が22万円、はり・きゅうの施術費が3万円、治療のための市販薬が2万円、公共交通機関の通院費が3万円です。
保険診療分の22万円は、マイナポータル連携で自動入力されます。施術費と市販薬、通院費の合計8万円は、自動では入らず、追加で入力する必要があります。また、高額療養費などで3万円が補てんされたとします。
正しく入力した場合は、30万円から補てん額の3万円を引いて27万円、さらに足切り額の10万円を引いて、控除の額は17万円です。追加入力を忘れた場合は、22万円から3万円を引いて19万円、足切り額を引いて、控除の額は9万円になります。
差額は8万円です。追加入力を忘れると、控除の額が17万円から9万円へと、半分近くまで小さくなります。自動入力の画面が完成しているように見えても、取得できない医療費があることを、忘れないようにしてください。
9.1 【医療費の内訳と、マイナポータル連携で自動入力されるかどうか（仮の例）】
前提条件：総所得金額等が200万円以上、医療費の合計30万円、補てん額3万円の仮の例。自動入力の範囲は、国税庁の作成コーナーの案内による1/2
出所：国税庁「マイナポータルから取得した情報以外に医療費の内容を追加入力する場合について」の説明を基にLIMO編集部作成
- 保険診療分の22万円：マイナポータル連携で自動入力されます
- はり・きゅうの施術費の3万円：追加入力が必要です
- 治療のための市販薬の2万円：追加入力が必要です
- 公共交通機関の通院費の3万円：追加入力が必要です
9.2 【追加入力をした場合と、忘れた場合の控除の額（仮の例）】
前提条件：総所得金額等が200万円以上（足切り額10万円）、補てん額3万円。国税庁「No.1120」の算式に当てはめた編集部試算2/2
出所：国税庁「No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）」の算式を基にLIMO編集部試算
- 追加入力をした場合：入力した医療費は30万円、補てん額を引いた額は27万円で、控除の額は17万円です
- 追加入力を忘れた場合：入力した医療費は22万円、補てん額を引いた額は19万円で、控除の額は9万円です
この試算は、国税庁の算式に、仮の金額を当てはめたものです。実際に、はり・きゅうの施術費や市販薬が医療費控除の対象になるかどうかは、個別の内容によって異なります。迷う場合は、税務署に確認してください。
10. 【編集者の視点】
マイナポータル連携は、申告の手間を大きく減らしてくれる仕組みです。一方で、自動で取れるのは保険診療分の医療費通知情報に限られます。「便利になった分、確認の役割が、自分の側に移った」と考えると、使い方の勘所が見えてきます。
取り込んだ金額と、自分の手元の記録を見比べる。取得できない医療費を、追加で入力する。その2つを押さえるだけで、控除の額の見落としを防げます。本記事の試算は仮の例です。実際の額は、個別の事情で異なります。
11. 年末調整をした会社員も、医療費控除は個人で申告する
「会社で年末調整をしてもらったから、医療費控除も自動で反映されるはず」と思う人もいるかもしれません。デジタル庁の解説は、この点を明確にしています。年末調整の対象ではないため、医療費控除を受けるには、個人で所得税の確定申告をする必要があると説明されています。
つまり、会社員でも、医療費控除を受けたい場合は、確定申告が必要です。マイナポータル連携を使えば、給与所得の源泉徴収票の情報も取り込めるため、会社員の申告の手間は、以前より小さくなっています。
デジタル庁の解説の題名は、「確定申告は『マイナポータル連携』でもっと簡単に。年末調整対象者も医療費控除が可能」です。年末調整を受けた人でも、確定申告で医療費控除を受けられるという趣旨です。
還付申告は、その年の翌年の1月1日から5年間できます。過去の年の医療費控除を申告し忘れていた人も、期間内であれば、さかのぼって申告できる場合があります。詳しくは、自社の別記事で整理しています。
12. スマホで難しいこと：医療費集計フォームはパソコンで作る
領収書の件数が多い場合は、医療費集計フォームを使うと便利です。ただ、国税庁のダウンロードページによると、スマートフォンを使う場合は、推奨環境を満たしたパソコンで編集して保存してから、移して使うよう案内されています。
フォームはExcel形式で、対応するソフトも限られています。スマホだけで、一から集計するのは想定されていません。領収書が多い人は、マイナポータル連携を主にして、取得できない分だけをスマホで追加入力するのが、現実的です。
なお、セルフメディケーション税制を使う人は、この医療費集計フォームを使えません。通常の医療費控除との選択適用で、選んだあとの変更もできないため、申告の前に、どちらが有利かを確認してください。
高額療養費と医療費控除の関係は、高額療養費と医療費控除の違い・併用の仕方で確認できます。高額療養費の基本は、高額療養費制度をわかりやすく解説（基礎知識）もあわせてご覧ください。
13. 集計フォームを使うときの入力の流れ：連携した人は最初の画面が出ない
医療費集計フォームを読み込む場合の入力の流れは、国税庁の作成コーナーに3つの段階で示されています。最初の段階は、「適用する医療費控除の選択」の画面で、「医療費控除」を選び、「次へ」に進むことです。
ここで、見落としやすい点があります。国税庁の案内には、マイナポータル連携で医療費通知情報のデータを取得した人には、この画面は表示されないと書かれています。連携を使った人は、最初の選択の段階を飛ばして、次の画面へ進む形になります。
2つ目の段階は、「医療費控除の一覧」の画面で、「医療費集計フォームを利用する」を選ぶことです。「集計フォーム読込画面へ」のボタンを押して進みます。3つ目の段階は、ファイルを選択して、フォームを読み込むことです。
国税庁の案内では、フォームは、バージョン3.1のものの利用が推奨されています。読み込んだあとは、入力画面に反映された内容を、必ず確認してください。連携で取得した分と、フォームの分が重ならないよう、費目を見比べることも大切です。
14. 申告のあと：領収書は提出しないが、5年間は保存する
国税庁のタックスアンサーNo.1119によると、医療費の領収書は、確定申告書に添付して提出する必要はありません。その代わりに、確定申告期限などから5年間、自宅などで保存する必要があります。
e-Taxで情報を入力した場合も、書類を5年間保存する必要があります。電子で送っても、手元の書類は捨てられません。マイナポータル連携で取り込んだ医療費通知情報は、通知に載っていない分の領収書を、特に大切に残しておいてください。
領収書が出ない通院の交通費などは、日付、通院先、金額を記録しておくのが実務上の目安になります。記録の書き方について、国税庁が細かく指定しているかどうかは、今回確認した範囲では分かりませんでした。
※本記事は、編集部が国税庁、デジタル庁が公表する公式の最新一次資料を直接確認の上、執筆・検証しています。
15. 令和8年分の申告に向けて：今からできる準備
次の申告は、令和8年分として、2027年に行います。今からできる準備は3つです。1つ目は、マイナンバーカードの有効期限と、2つのパスワードを確認することです。パスワードを忘れていた場合は、再設定の手続きが必要になります。
2つ目は、家族の分を取り込む予定がある人が、マイナポータルで、代理人登録の準備をしておくことです。家族それぞれのカードが必要なので、早めに動くと安心です。3つ目は、保険診療分以外の医療費の記録を、年内から残しておくことです。
スマホの機種がマイナンバーカードの読み取りに対応しているか、iPhoneやAndroidでの、カード機能の搭載状況も、確認しておくとよいでしょう。申告の時期に慌てないよう、余裕のあるうちに確かめてください。
16. 【編集者の視点】
スマホでの医療費控除の申告は、操作そのものより、準備の段階で差がつく手続きです。マイナンバーカードの有効期限、2つのパスワード、対応するスマホ、家族分の代理人登録と、確認する点は多いものの、どれも事前に済ませておける作業です。
申告の時期になってから慌てないためには、今のうちに、できる準備を済ませておくことが、いちばんの近道です。本記事の内容は、令和7年分の案内をもとにした一般的な目安です。実際の操作や条件は、国税庁の最新の案内で確認してください。
17. まとめ
医療費控除は、スマホとマイナンバーカードで、申告書の作成からe-Taxの送信まで進められます。準備するものは、マイナンバーカード、2つのパスワード、カードの読み取りに対応したスマホです。マイナポータル連携では、医療費通知情報や源泉徴収票などを自動入力できます。
医療費通知情報の取得は、例年、原則2月9日からです。家族の分は、代理人登録が必要です。ただし、自動で入るのは保険診療分だけで、はり・きゅうの施術費や市販薬などは、追加入力が必要です。試算では、追加入力を忘れると、控除の額が17万円から9万円に小さくなりました。
年末調整を受けた会社員も、医療費控除は個人で確定申告が必要です。領収書は提出せず、5年間保存します。具体的な操作は、国税庁の最新の案内で確認してください。
18. よくある質問
18.1 Q. 医療費控除は、スマホだけで申告できますか？
国税庁は、スマホとマイナンバーカードで、申告書の作成とe-Taxの送信ができると案内しています。マイナンバーカードの読み取りに対応したスマホが必要です。
18.2 Q. 準備するものは何ですか？
マイナンバーカードと、カード発行時に設定した2種類のパスワードです。利用者証明用は数字4桁、署名用は英数字6文字から16文字です。
18.3 Q. 医療費通知情報は、いつから取得できますか？
例年、原則2月9日から、申告年分の1月から12月までの1年間分を取得できます。
18.4 Q. マイナポータル連携で、どんな医療費が入りますか？
原則として、保険診療分の医療費に関する情報です。はり・きゅうの施術費や、整骨院・接骨院の柔道整復療養費などは、取得できません。
18.5 Q. 取得できない医療費は、どうしますか？
自分で追加入力します。マイナポータルから取得した内容と重複しないよう、医療費通知に含まれない費目だけを入力します。
18.6 Q. 家族の医療費も、取り込めますか？
代理人登録をすれば取得できます。確定申告をする人を代理人、家族を委任者として登録し、委任を受ける選択をします。それぞれのマイナンバーカードが必要です。
18.7 Q. 会社で年末調整をした場合も、確定申告が必要ですか？
医療費控除は年末調整の対象ではないため、受けたい場合は個人で確定申告が必要です。
18.8 Q. 領収書は提出しますか？
提出は不要です。自宅などで5年間保存します。e-Taxで送信した場合も同様です。
18.9 Q. 医療費集計フォームは、スマホで作れますか？
国税庁は、推奨環境を満たしたパソコンで編集して保存してから、スマホなどで使うよう案内しています。
18.10 Q. iPhoneは、使えますか？
国税庁のページでは、iPhoneのマイナンバーカード機能は、令和8年1月から対応を開始する予定と案内されていました。最新の状況は、国税庁の案内で確認してください。
参考資料
- 国税庁「スマホとマイナンバーカードでe-Tax！」
- 国税庁「令和７年分の確定申告はスマホとマイナポータル連携でもっと便利に！」
- 国税庁「マイナポータルと連携した所得税確定申告手続」
- 国税庁「マイナポータル連携で医療費通知情報を取得できる時期」
- 国税庁「マイナポータルから取得した情報以外に医療費の内容を追加入力する場合について」
- デジタル庁「【解説】確定申告は「マイナポータル連携」でもっと簡単に。年末調整対象者も医療費控除が可能」
- デジタル庁「マイナポータル連携で家族（配偶者や子ども等）の医療費通知情報を取得する方法を教えてください。」
- 国税庁「No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）」
- 国税庁「No.1119 医療費控除に関する手続について」
- 国税庁「医療費集計フォームのダウンロード」
- 国税庁「医療費集計フォームを利用する場合の入力方法」
齊藤 慧
