ふるさと納税のワンストップ特例を申請したあとで、医療費控除を受けるために確定申告をすることになった、という人もいるかもしれません。確定申告をするとワンストップ特例の申請は無効になり、ふるさと納税の寄附金控除は確定申告の中で申告し直すことになります。
富裕層や法人のお客さまの資産運用のご相談を受けていた経験からお伝えすると、ふるさと納税と医療費控除の関係は、年内に寄附額を決める前に確かめておきたいテーマです。
ここでは、ワンストップ特例と確定申告の関係を手続きの順に整理します。あわせて、医療費控除を受けると住民税の所得割が減り、ふるさと納税の控除上限の目安も下がる点を数字で確かめます。試算するのは、会社員が医療費20万円で医療費控除を受けたときの控除上限の目安の変化、上限の目安いっぱいまで寄附していた場合の自己負担、寄附金控除を書き忘れたときに戻らない額の3つです。
※年収342万円・487万円・559万円は、国税庁「令和7年分 民間給与実態統計調査」の、女性・給与所得者全体・正社員（正職員）の平均給与です。
1. ワンストップ特例を出した後に医療費控除で確定申告すると？ワンストップ特例は無効になり、寄附金控除は確定申告に含めれば受けられる
ワンストップ特例は、確定申告をしなくてもふるさと納税の寄附金控除を受けられる仕組みです。総務省「ふるさと納税の流れ」によると、使えるのは確定申告の不要な給与所得者等で、ふるさと納税先の自治体が5団体以内の場合に限られます。
国税庁「No.1155 ふるさと納税(寄附金控除)」は、確定申告を行う人はワンストップ特例の申請が無効となるため、申請した分も含めて寄附金控除額を計算する必要がある、としています。医療費控除を受けるために確定申告をする人も、これに含まれます。
- 【ワンストップ特例の場合】所得税からの控除はなく、控除額の全額が翌年度の住民税から引かれる
- 【確定申告の場合】所得税から控除（還付）され、残りは翌年度の住民税から引かれる
- 【申告する欄】確定申告書第二表の「寄附金控除に関する事項」と、「住民税に関する事項」の「都道府県、市区町村への寄附（特例控除対象）」欄の両方
国税庁は、「住民税に関する事項」の欄が書かれていない場合、住民税の賦課決定の際に控除されないこともある、と注意を促しています。所得税の確定申告書は、住民税の申告書も兼ねているためです。
